本殿の傍らに位置する社務所には、御鎮座1300年記念事業として2010年に完成した壮大な池泉回遊式庭園が広がっています。この庭園の特徴は「古代から現代へ」というコンセプトにあります。
庭園の左奥には、清らかな古代の渓流を思わせる空間が広がり、右手前には白い花崗岩とアカマツが織りなす現代的な幾何学美が展開されます。中央を流れる水は信仰の軸を象徴し、神の依代たる神島から遠く稲荷山へとつながるかのような、神秘的な景観を形作ります。
万葉の時代の様式を基盤としつつ、平安貴族が憧れた白砂青松の美しさをも内包するこの空間は、時代を超えて受け継がれる日本庭園技術の結晶です。普段は非公開のエリアも多く、社務所の建屋と一体となったその気品ある佇まいは、総本宮としての格式を象徴する見どころといえるでしょう。