対戦成績は藤井叡王５勝、菅井八段３勝、２千日手。以下は対戦一覧。左から対局日、勝者、戦型、総手数、棋戦、※は千日手指し直し局です。藤井叡王は先手で１勝２千日手、菅井八段は先手で３勝４敗。菅井八段の３勝は先手中飛車で挙げています。

2017年８月４日　菅井　中飛車　　 81手　王将戦一次予選
2018年９月３日　菅井　中飛車　　133手　棋王戦挑戦者決定トーナメント
2019年５月31日　藤井　中飛車　　 94手　竜王戦４組ランキング戦決勝※
2020年１月19日　藤井　中飛車　　168手　朝日杯将棋オープン戦本戦
2020年３月31日　藤井　四間飛車　146手　棋聖戦決勝トーナメント※
2020年４月10日　藤井　三間飛車　112手　王位戦挑戦者決定リーグ白組
2020年７月18日　藤井　四間飛車　103手　JT将棋日本シリーズ
2022年８月10日　菅井　中飛車　　109手　順位戦Ａ級

以下の展望記事には、藤井叡王の対振り飛車戦績も紹介されています。

【藤井の３連覇か、菅井が振り飛車党の意地を見せるか｜日本将棋連盟】
https://www.shogi.or.jp/column/2023/04/8eiou_outlook.html